Сергей Маханов родился в Петербурге в 1965 г. В 1988 г. окончил Тюменский государственный мединститут по специальности «лечебное дело», в 1999 г. – Академию народного хозяйства при Правительстве РФ по специальности «управление предприятием (организацией)». С 2001 г. – кандидат экономических наук г., с 2002 г – член-корреспондент РАЕН.
С 1994 г. по 2001 г. работал в органах исполнительной власти Ханты-Мансийского округа, с 2001 г. по 2006 г. – исполнительным директором терфонда ОМС Тюменской области. Последние три года возглавлял группу компаний «СПб-Инвест».