В конце июля 2009 г. в результате обильных дождей в горных районах Дагестана значительно увеличилась приточность воды в реках и, в частности, в Гунибском районе на реке Каракойсу в створе Гунибской ГЭС. 29 июля максимальная приточность воды в створе гидроэлектростанции составила более 200 кубометров в секунду, в несколько раз превысив норму.
Благодаря действиям персонала ГЭС удалось стабилизировать последствия стихийного паводка и предотвратить затопление населенных пунктов, фермерских и дачных хозяйств, лежащих ниже по течению Каракойсу. Однако от паводка пострадало имущество станции, в частности, шатер механизмов управления рабочими затворами.
