Согласно утвержденному порядку, власти субъекта РФ должны определить орган, уполномоченный взаимодействовать с Минсельхозом, который вместе с Федеральной службой финансово-бюджетного надзора будет контролировать целевое использование субсидий.
Положение о предоставлении субсидий региональным бюджетам для поддержки агропромышленного комплекса утверждено постановлением правительства РФ № 832 от 29 декабря 2006 г.